Bestimmte Antibiotika (z.B. Penicillin) sind in der Schwangerschaft seit Jahrzehnten erforscht und überhaupt kein Problem für Dein Kind.
Es gibt einige, die in der Schwangerschaft nicht angezeigt sind, weil sie bspw. zu Schädigungen der Zähne Deines Kindes führen können o.ä., aber das wird Dein Arzt sicher wissen und Dir etwas entsprechendes verordnen.
Wesentlich schlimmer als eine geeignete Antibiotika-Therapie (zumal auch noch so eine kurze) wäre eine Infektion im Urogenitaltrakt, da dass Deinem Baby erst recht Probleme macht und Frühgeburten provozieren kann.
Also, lass Dich gut beraten und frag nochmal nach und nimm dann die notwendigen Medikamente.
Gute Besserung und alles Gut,
liebes bisschen